С 2004 года при Патриаршем Крутицком подворье действует Воскресная школа для детей имени святых первоверховных апостолов Петра и Павла. С октября 2013 года возобновила свою деятельность Воскресная школа для взрослых. С февраля 2014 по май 2016 г. работало дистанционное (онлайн) отделение школы.
Занятия проходят по воскресеньям в отдельном здании XVII века — Митрополичьих палатах. Учебный год начинается с 15 сентября и заканчивается 15 мая. Обучение в Воскресной школе бесплатное.
Настоятель подворья — Епископ Истринский Серафим, Председателя Синодального отдела по делам молодёжи Русской Православной Церкви. Руководитель Воскресной школы — Наталия Петровна Лаврентьева. В учебно-воспитательной работе участвует 8 педагогов, из них 4 — выпускники Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета (ПСТГУ).
Учебный план Воскресной школы представлен для дошкольной, начальной и основной ступеней учебно-воспитательной деятельности.
Задачами дошкольной ступени (3−6 лет) являются православное воспитание и развитие детей, осуществляемые через приобщение к богослужебной жизни Церкви, игровую, творческую и развивающую деятельность, а также через взаимное общение. Продолжительность занятий — 20−30 минут.
Задачами начальной ступени (7−10 лет) являются обучение основам православного вероучения, православное воспитание, развитие детей, приобщение их к литургической жизни Церкви, обретение первичных навыков и начального опыта церковной жизни. Продолжительность занятий — 30−40 минут
Задачами основной ступени (11−16 лет) являются обучение основам православного вероучения, усвоение детьми знаний o вере, осознанное участие в богослужении и Таинствах Церкви, применение полученных знаний в повседневной жизни, формирование навыка ежедневной домашней молитвы, последующее приобщение к социальной, молодежной деятельности прихода. Продолжительность занятий — 40 минут
В соответствии со Стандартом учебно-воспитательной деятельности, реализуемой в воскресных школах (для детей) Русской Православной Церкви для каждой ступени существуют дисциплины основной (вероучительной) части и дополнительной части учебно-воспитательной деятельности.
Посещение кружков обязательно, как и посещение предметов вероучительного цикла, но родители и дети имеют возможность выбрать тот или иной кружок, поэтому в расписании они стоят как «предмет по выбору».
Во время занятий с детьми, родители посещают лекции для взрослых, проводимые клириками подворья и преподавателями Воскресной школы.
Кроме аудиторных занятий Программа по учебно-воспитательной деятельности воскресной школы Крутицкого патриаршего подворья предполагает практические (экскурсионно-паломнические) занятия, проводимые 1 раз в 2−3 месяца.
Воспитанники Воскресной школы участвуют в Общероссийской олимпиаде школьников по Основам православной культуры, а так же в мероприятиях, организуемых викариатством.